Hatte Mutter Maria Theresia Bonzel zu Beginn des 20. Jahrhunderts mit der Gründung der GmbH eine richtige Entscheidung getroffen, so musste diese nicht ganz 100 Jahre später erneut überdacht werden. Die Veränderungen waren kaum zu übersehen: Die wirtschaftliche Situation der Gesellschaft war gut, die Einrichtungen zu einem Großunternehmen herangewachsen. Dem entgegen stand die rückläufige Anzahl der neu eingetretenen Frauen und die Altersstruktur der Schwestern. In dieser Konstellation konnten die personellen und fachlichen Anforderungen zur alleinigen Führung eines solchen „Unternehmens“ nicht mehr abgedeckt werden. Man prüfte mehrere Modelle einer Trägerkonzeption und entschied sich für die Rechtsform der Stiftung.
Die Maria-Theresia-Bonzel-Stiftung wurde 1995 ins Leben gerufen. Als am 20. Juli 1995 die Stiftungsurkunde im Olper Mutterhaus eintraf, war dies gleichzeitig auch der Gründungstag der Gesellschaft der Franziskanerinnen und gilt als offizieller Gründungstag der Maria Theresia Bonzel-Stiftung. Seit der Übertragung der GmbH-Anteile des Vereins „Franziskanerinnen von der ewigen Anbetung e. V. Olpe“ auf die Stiftung, liegt die Gesellschafterfunktion bei der Stiftung und die wirtschaftliche Betriebsführung bei der GmbH.